Charles Wagner est né le 3 janvier 1852 à Vibersviller, en Lorraine, dans une famille de pasteurs luthériens. Orphelin de père à 7 ans, Charles Wagner sera élevé par sa mère et son grand père pasteur. Il fit ses études à la Faculté de théologie protestante de Paris et celle de Strasbourg, où il rencontra son épouse.
Il étudie quelques mois en Allemagne avant de prendre son premier poste pastoral à Barr, en Alsace, puis à Remiremont, dans les Vosges. En 1883, il prend un poste proposé par le Comité Libéral auprès des familles protestantes libérales parisiennes.
Très vite, il crée sa propre paroisse dans une des pièces de son appartement. Ses premiers paroissiens sont un mélange d’intellectuels (l’éditeur Fischbacher, le directeur de l’École Alsacienne, etc..) et d’ouvriers des faubourgs et de Paris. Peu à peu son audience croît, et son cercle de relations et d’amis, Tommy Fallot, Raoul Allier, Théodore Monod, s’élargit. Sa théologie moderne et indépendante l’éloigne de toutes les orthodoxies : « Je ne suis ni protestant, ni catholique, ni juif, mais un peu tout cela à la fois, non en sceptique qui rit de tout, mais en croyant qui croit plus que ce que contiennent les formules. »
Ecrivain prolifique, il publie Justice en 1890 puis Jeunesse (1892) et La Vie Simple (1895) qui fut un très grand succès et fut traduit en anglais en particulier. Puis viennent L’évangile et la vie (1896), Auprès du foyer (1896) et en 1897 Sois un homme. La maladie, puis la mort de son fils en 1899 lui inspirent L’ Ami, paru en 1902, ouvrage de réconfort dans l’épreuve. Le lendemain de la mort de son fils, il lui écrit, dans son Journal : « Tu vivras dans le cœur de ton père et dans sa voix. Désormais, tu monteras en chaire avec lui, et ; avec lui, tu iras chez ceux qui souffrent et pleurent. Je ne consentirai pas à ta mort ; ce serait consentir à ce que Dieu ne veut pas, car il ne veut qu’aucun de ces petits ne périsse. »
De 1900 à 1906, Charles Wagner redouble d’activité pastorale et associative. La Ligue de l’enseignement, la Ligue d’Éducation morale, les Universités populaires, l’École d’assistance aux malades de la rue Amyot font appel à lui aide, comme plus tard la Sorbonne et même l’Instruction publique, lorsqu’à la demande de Ferdinand Buisson il contribue au Manuel général de l’instruction primaire. Avec ce dernier, il écrivit d’ailleurs en 1903 Libre pensée et protestantisme libéral pour expliquer sa théologie, et la confronter aux idées contemporaines.
En 1904, à la demande du Président Théodore Roosevelt qui avait lu une traduction de « La Vie Simple », Charles Wagner s’embarque pour une tournée aux États-Unis; il y restera 2 mois et en tirera un livre Vers le cœur de l’Amérique qui décrit son expérience. Avant son départ, il fut reçu à la Maison-Blanche et Théodore Roosevelt déclara : « S’il y a un livre que je souhaite voir lire par notre peuple entier, c’est « La Vie Simple » de Charles Wagner. »
Avec les bénéfices de sa collecte de fonds lors de cette tournée américaine Charles Wagner pourra financer la construction du « Foyer de l’Âme », la paroisse libérale indépendante dont il caressait le projet depuis longtemps.
Comme ses amis Élie Gounelle ou Wilfred Monod, Charles Wagner ne veut pas accepter la division qui affaiblit l’Église Réformée depuis les années 1850. À l’assemblée de Jarnac, en 1906, il prie les réformés de ne pas céder aux démons de la désunion. Son merveilleux discours resta sans effets. La désunion consommée, il finira par rejoindre le synode libéral en 1916. Assez modéré durant la Grande Guerre, le Pasteur Wagner décède le 12 mai 1918. Son gendre Wautiers d’Aygaliers, également pasteur, écrira sa biographie, très inspirée de son Journal, sous le titre Un Homme.
